Tak lama berselang, Jepang akhirnya menduduki wilayah Hindia Belanda (sekarang Indonesia) dengan terlebih dahulu mengalahkan Hindia Belanda lewat pertempuran singkat.
Di masa pendudukan Jepang ini, AY Mokoginta terlibat dalam gerakan pemuda untuk Kemerdekaan Indonesia.
Saat Soekarno dan Hatta memproklamasikan kemerdekaan Republik Indonesia pada 17 Agustus 1945, ia turut melebur ke dalam barisan perjuangan bersenjata Indonesia.
Di masa revolusi fisik melawan kembalinya pendudukan Belanda di Indonesia ini, AY Mokoginta menjadi salah satu pemimpin pasukan pejuang Indonesia yang bergerilya di Jawa Barat.
Ia tergabung ke dalam pasukan yang paling loyal, paling disiplin dan paling tangguh di masa revolusi, yakni Divisi Siliwangi.
Kala itu, ia mengemban tugas sebagai staf perwira Brigade III Divisi Siliwangi dengan pangkat Mayor.
Saat Republik Indonesia berhasil merebut kedaulatan penuh sebagai negara dan bangsa yang merdeka, AY Mokoginta banyak terlibat dalam tugas-tugas penting negara.
Oleh karena kiprahnya di masa revolusi fisik dan di masa kemerdekaan, AY Mokoginta dianugerahi berbagai penghargaan dari pemerintah, seperti penghargaan Bintang Dharma, Bintang Gerilya, Bintang Kartika Eka Paksi Pratama, Bintang Kartika Eka Paksi Nararya, Bintang Sewindu, Bintang Bhayangkara dan Satya Lencana Kesetiaan X.
Adik kandung dari pendiri Organisasi Bhayangkari Bua Lena Mokoginta ini, mengakhiri karier militernya dengan pangkat terakhir Letnan Jenderal TNI.
Adapun sejumlah jabatan yang diembannya di militer yakni, Komandan Sekolah Staf dan Komando TNI Angkatan Darat 12 Maret 1956 hingga 16 April 1958, Panglima Teritorium VII/Indonesia Timur, Komandan Polisi Militer Daerah Jawa dari 1949 hingga 1950.
AY Mokoginta juga pernah menjabat ketua tim Panitia Doktrin Angkatan Darat.
Yakni tim yang merumuskan ideologi TNI, pernah menjabat Ketua Tim Perumus Kurikulum Pendidikan di Akademi Militer Magelang.
Ia juga pernah menjabat Duta Besar Rl untuk Mesir, Libanon, Sudan dan Marokko
Suami dari Koriati Kori Mangkuratmadja Mokoginta ini meninggal di usia 62 tahun pada 11 Januari 1984 di RSPAD Gatot Subroto, Jakarta.
Meski punya kiprah yang besar bagi Republik Indonesia, namun AY Mokoginta belum ditetapkan sebagai Pahlawan Nasional.