Hidupnya membaik selama tinggal di Selangor, Malaysia. Ia menjual ayam saat pagi dan menjual peci serta buku agama saat malam.
Hambali juga sempat bekerja di sebuah warung roti canai.
Selama tinggal di sana, ia berkenalan dengan Abdullah Sungkar, pendiri Jamaah Islamiyah.
Jamaah Islamiyah terafiliasi dengan Al-Qaeda.
Berkat ajakan Sungkar, Hambali menjadi satu dari 20 orang kombatan yang berangkat ke Afghanistan pada 1986.
Hambali ikut berperang hingga 1988.
Namun, dengan waktu dua tahun itu Hambali telah mendapat pelajaran dan pengalaman dasar militer, seperti strategi komunikasi, penyediaan logistik, intelijen dan hal-hal teknis di medan tempur.
Setelah kembali ke Malaysia, Hambali juga membangun jaringan dengan alumni Afghanistan di Filipina Selatan.
Pada 1998 Hambali menjadi pimpinan JI setelah Sungkar meninggal karena penyakit hati.
Hambali di bawah JI terpengaruh seruan Osama bin Laden bernama Fatwa 98.
Fatwa ini menghalalkan pembunuhan Amerika Serikat dan sekutunya.
JI melakukan pengeboman pada malam Natal 2000 di sejumlah gereja di Indonesia.
Pengeboman klub malam di Bali 2002 serta bom Hotel JW Marriott di Jakarta pada 2003 juga didalangi oleh Hambali dan anggota JI.
Bom Bali menewaskan 202 orang, mayoritas turis asing.
Sementara, bom di hotel JW Marriott Jakarta menewaskan 12 orang.