Dia bergabung di Pergerakan Mahasiswa Islam Indonesia (PMII) dan terpilih menjadi ketua cabang PMII Yogyakarta.
Muhaimin, Abdurrahman Wahid dan tokoh NU mendirikan PKB dan menjadi sekretaris Jenderal
Pemegang Rekor Pimpinan Termuda DPR yang Kini Jadi Pimpinan MPR
Muhaimin menjadi anggota DPR pada 1999 pada usia 32 tahun dan menjadi wakil Ketua DPR RI.
Cak Imin menjadi Menteri Tenaga Kerja dan Transmigrasi di erah Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY).
Cak Imin terpilih kembali menjadi Anggota DPR-RI untuk keempat kalinya untuk periode 2014-2019.
Dulu Dipecat Gus Dur
Muhaimin Iskandar ditetapkan sebagai ketua umum PKB pada Muktamar di Semarang pada 2005.
Sedangkan Gus Dur duduk sebagai Ketua Dewan Syura.
Namun, menjelang Pemilu 2009, internal PKB kembali bergolak.
Cak Imin dipecat dari jabatannya karena dianggap melakukan manuver dengan “bermain-main ke istana” atau mendekati pemerintahan Presiden Susilo Bambang Yudhoyono (SBY) kala itu.
Cak Imin dan para pendukungnya tidak terima, kemudian mengajukan gugatan terhadap Gus Dur ke Pengadilan Negeri Jakarta Selatan.
Isu Muktamar Luar Biasa (MLB) PKB pun mulai mengemuka.
Ternyata benar. Hanya saja kedua belah pihak yang berseteru menggelar MLB sendiri-sendiri.
Kubu Gus Dur di Parung (Bogor) pada 30 April-1 Mei 2008, sedangkan rombongan Cak Imin melaksanakan hajat di Hotel Mercure Ancol sehari berselang.