Penangkapan tersebut tidak saja dilangsungkan oleh militer, melainkan juga melibatkan para pemuda dan rakyat.
Mereka yang ditangkap sering mengalami penyiksaan hingga dieksekusi begitu saja tanpa proses pengadilan.
Pembantain terbanyak terjadi di Jawa Tengah dan Jawa Timur. Hinggi kini, jumlah korban yang tewas masih menjadi perdebatan.
Sejumlah organisasi HAM masih terus menyelidiki dan mengumpulkan bukti-bukti kekerasan HAM yang terjadi pada masa itu.
Terbaru, sebagaimana yang dikutp dari Kompas.com, Oktober 2019 Yayasan Penelitian Korban Pembunuhan 1965/1966 (YPKP 65) melakukan audiensi dengan Kejaksaan Agung tentang temuan 346 kuburan massal tragedi 65.
Penemuan 346 lokasi kuburan massal ini adalah suatu data terkini, dari temuan sebelumnya sebanyak 122 lokasi yang telah dilaporkan ke Komnas HAM
346 lokasi kuburan massal itu,ditemukan YPKP 65 di sejumlah lokasi, Sumatera Utara, Sumatera Barat, Palembang, Lampung, Sukabumi, Tanggerang, Bandung dan daerah lain.
Sebenarnya terkait jumlah korban jiwa pembunuhan 65 sudah pernah diselidiki semasa Presiden Soekarno masih berkuasa.
Soekarno pada masa itu membentuk lembaga resmi Fact Finding Comisson (FFC). FFC mencatat, korban jiwa tragedi 65 sebanyak 80 ribu jiwa. Angka ini diperoleh seletelah 4 bulan persitiwa G30S terjadi.
Dalam buku G30S Fakta Atau Rekayasa, Wartawan Senior Kompas, Julius Pour menyebut, FFC merupakan sebuah tim berbobot, oleh karena dibentuk dengan Surat Keputusan Presiden dipimpin Menteri Dalam Negeri, beranggotakan Kapolri, Menteri Penerangan, Menteri Agraria, Menteri Negara, Ketua Gabungan V/Komando Operasi Tertinggi (KOTI).
Selain itu, tim FFC juga ikut diperkuat dengan perwakilan dari tiga partai politik; Partai Nasional Indonesia (PNI), Nahdatul Ulama (NU), dan Partai Kristen Indonesia (Parkindo).
Namun, jumlah korban yang dicatat oleh FFC ini, sejak hari pertama sejak angka ini diumumkan telah diragukan kebenarannya bahkan oleh Presiden Soekarno sendiri.
Beberapa waktu setelah itu, Menteri Penerangan Mayor Jenderal Achmadi dalam sebuah kesempatan justru mengakui, jumlah korban tewas di empat daerah pengamatan: Jateng, Jatim, Bali dan Sumatera Utara, "mungkin sepuluh kali lipat dari taksiran FFCm jadi jumlahnya sekitar 800 ribu jiwa."
Sementara itu, Kolonel (Inf) Sarwo Edhie Wibowo Komandan Resimen Para Komando Angkatan Darat (RPKAD) yang saat peristiwa berlangsung memimpin pasukan di lapangan, pernah mengemukakan angka taksiran, jumlah korban tewas tidak kurang dari 3.000.000 orang.
Nasib Tapol PKI Setelah G30S