Sosok Munarman, Anak Pensiunan Guru yang Ditangkap Kasus Terorisme, Kini Semakin Kurus di Penjara

Munarman dilantik pada bulan berikutnya dan berjanji akan menyatukan anggota-anggota yayasan sebagai langkah pertamanya dan ia dilantik pada bulan Oktober 2002.

Ketua sebelumnya Bambang Widjojanto diberhentikan oleh dewan pengawas YLBHI karena mengusulkan untuk mereformasi yayasan menjadi asosiasi yang lebih berpihak pada keanggotaan

Hal ini dilakukan sebagai kritik kepada Adnan Buyung Nasution, salah satu pendiri dan ketua dari Dewan Pengawas berpindah haluan dan membela seorang pejabat militer senior yang teridentifikasi sebagai pelaku pelanggaran HAM berat di Timor Timur pada tahun 1999 dengan alasan profesionalisme.

Pemecatan Bambang kemudian diikuti dengan pengunduran diri Wakil Ketua YLBHI, Munir.[10] Kritik lalu muncul di YLBHI karena Dewan Pengawas lalu langsung menyiapkan tim untuk memilih ketua yang baru. Kritik paling vokal disuarakan oleh Munarman dan hampir saja posisinya dalam Dewan Pengurus dicopot.

Dalam debat publiknya Munarman menyatakan,

"Untuk membangun demokrasi, kita harus mencari tahu siapa musuh kita, dan berteman... Perbedaan di antara kita adalah bagian dari tradisi. YLBHI tidak akan terpecah karena perbedaan.”

Pada Juli 2005 Makamah Konstitusi Indonesia menolak Tinjauan Yuridis yang diajukan oleh Munarman dan kawan-kawan yang tergabung dalam Tim Advokasi Rakyat untuk Hak atas Air terhadap Peraturan Pemerintah No. 7 Mengenai Sumber Daya Air (Peraturan Nomor 7 Tahun 2004) yang dianggap melanggar UUD 1945.

Jabatannya sebagai Ketua YLBHI terhenti pada tahun 2006 dengan dilantiknya Patra M. Zen sebagai Ketua Umum Yayasan Lembaga bantuan Hukum Indonesia untuk periode 2006-2011.

Hizbut Tahir Indonesia

Pada bulan Juni 2006 Munarman menyatakan akan melawan apabila dipecat sebagai Ketua Dewan Pengurus YLBHI Indonesia dan berjanji tidak akan mundur.

Alasan pemecatannya adalah karena pemikiran dan sikapnya yang radikal, ia menolak Pancasila, UUD 1945, Negara Kesatuan Republik Indonesia (NKRI) sebagai sistem demokrasi Indonesia, dengan keterlibatannya sebagai tokoh Hizbut Tahir Indonesia (HTI).

Selain itu, juga atas pernyataannya diatas spanduk yang dipampang dengan wajahnya di Cilandak Jakarta Selatan yang berbunyi: "Munarman: Sistem Khilafah Menjadi Jawaban Atas Seluruh Problematika Saat Ini Muncul. Saatnya Khilafah Memimpin Dunia."

Saat wawancara ia menolak disebut sebagai Pemimpin Hizbut Tahir ataupun masuk dalam struktur organisasi, namun hanya "berkawan".

Ia juga menyebut-nyebut sumbangan dana Tomy Winata terkait dengan upaya pemecatannya.

Pada wawancaranya dengan Eramuslim.com di bulan Juni 2006 Munarman mensinyalir Amerika Serikat dan sekutunya menggunakan LSM yang didanai pihak asing untuk membubarkan FPI, MMI dan HTI.