Lalu di bawah pemerintahan Megawati Soekarnoputri otonomi khusus ini harus dicabut kembali dan ada tuduhan bahwa PDP dihalang-halangi oleh oknum-oknum militer.
Pada tanggal 10 November 2001, Theys Hiyo Eluay diculik dan lalu ditemukan sudah terbunuh di mobilnya di kawasan Entrop Distrik Jayapura Selatan, Kota Jayapura, Papua.
(Potret Dortheys Hiyo Eluay dibopong warga. Ditemukan tewas dalam mobil. (Foto via TWITTER @love_papua)
Dari hasil penyidikan dugaan kuat pelaku pembunuhan dilakukan oleh oknum Komando Pasukan Khusus (Kopassus).
Theys dimakamkan di sebuah lapangan olahraga di tempat kelahirannya di Sentani pada sebuah tanah yang sudah diwakafkan oleh para tetua suku.
Pemakamannya dihadiri kurang lebih 10.000 orang Papua.
Tautan: