Pada Agustus 1996, Sjafrie menjabat sebagai Kepala Staf Kodam Jaya. Saat itu, ia menggantikan posisi Mayjen Susilo Bambang Yudoyono.
Sjafrie Sjamsoeddin (kanan), Jenderal dari Kopassus yang Pernah Bersitegang dengan Intel Israel (TWIPU.COM/@SJAFRIESJAMS via Tribun Timur)
Satu tahun kemudian, Sjafrie diangkat menjadi Panglima Kodam Jaya pada tahun 1997.
Ia menggantikan posisi Mayjen TNI Sutiyoso setelah terpilih sebagai Gubernur DKI Jakarata.
Sjafrie juga pernah menjabat sebagai Koordinator Staf Ahli (Korsahli) TNI pada tahun 2001.
Setelah itu, ia diangkat menjadi Kepala Pusat Penerangan (Puspen) TNI, menggantikan Marsekal Muda Graito Usodo pada tahun 2002.
Pada 2005, Sjafrie diangkat sebagai Sekretaris Jenderal Departemen Pertahanan.
Namun, unjuk rasa puluhan korban pelanggaran hak asasi manusia mewarnai pelantikan Sjaffrie.
Mereka mempersoalkan diangkatnya Sjafrie yang diduga terkait dalam kerusuhan Mei 1998 di Jakarta, seperti diberitakan Harian Kompas, 16 April 2005.
Di tahun 2010, Sjafrie dipercaya menduduki jabatan Wakil Menteri Pertahanan, mendapingi Purnomo Yusgiantoro yang menjadi Menhan saat itu.
Sjafrie kemudian menjadi wakil ketua Indonesian Asian Games Organizing Committee/Inasgoc pada tahun 2018 lalu.
Berikut riwayat jabatannya.
Sjafrie Sjamsoeddin (Kolase Wikipedia dan Kaskus)
- Komandan Peleton Grup 1 Komando Pasukan Sandi Yudha (Kopassandha)
- Komandan Nanggala X Timor-Timur (1976)