Kota Tomohon terletak di ketinggian kira-kira 900-1100 meter dari permukaan laut (dpl), diapit oleh 2 gunung berapi aktif, yaitu Gunung Lokon (1.580 m) dan Gunung Mahawu (1.311 m).
Suhu di Kota Tomohon pada waktu siang mampu mencapai 30 derajat Celsius dan 18-22 derajat Celsius pada malam hari.
Saat ini Kota Tomohon dipimpin oleh Wali Kota Tomohon Caroll Joram Azarias Senduk alias Caroll Senduk dan Wakil Wali Kota Wenny Lumentut.