Pastor John Rawung Persembahkan Misa Pesta Santo Fransiskus Xaverius di Gereja Paroki Watutumou

Pada tanggal 14 Juni 1549, Fransiskus berlayar ke Jepang ditemani oleh Pater Cosmas de Torres, Bruder Juan Fernandez, Anger, seorang Jepang yang sudah bertobat dan dua orang lainnya.

Mereka tiba di Kagoshima, Kyushu pada tanggal 15 Agustus 1549.

Mula-mula mereka berusaha mempelajari bahasa Jepang dan menerjemahkan ajaran-ajaran Kristen ke dalam bahasa daerah setempat.

Dari Kagoshima, pada bulan Agustus 1550 Fransiskus bersama kawan-kawannya berlayar ke Honshu, pulau terbesar dari gugusan kepulauan Jepang.

Pada tahun 1552 Xaverius didesak untuk kembali ke India guna menyelesaikan masalah-masalah administratif yang timbul selama ia tidak ada.

Pater Torres dan Bruder Fernandez menetap di Jepang untuk melanjutkan karya misi di sana.

Pada bulan April 1552, ia berlayar menuju Cina dengan sebuah kapal Portugis dan didaratkan di pulau Sanchian, di depan muara sungai Chukiang.

Di sana ia menunggu jemputan perahu yang bersedia menyelundupkannya ke daratan Tiongkok.

Tetapi ia tiba-tiba jatuh sakit dan dalam waktu dua minggu ia menghembuskan nafas terakhir di sebuah gubug, ditemani hanya oleh seorang pemuda Tionghoa yang telah menemani dia dari Goa.

Fransiskus meninggal dunia di Sanchian pada tanggal 3 Desember 1552.